剧情：“游戏王Gx”尤城居代在参加Deueru学术高中入学考试的路上与传说中的挑战者武藤由纪发生了戏剧性的遭遇，并收到了1张卡片。但朱代却因此迟到了，错过了考试。为此，朱代恳求克罗诺斯教授让他通过考试，然后...展开

剧情：“游戏王Gx”尤城居代在参加Deueru学术高中入学考试的路上与传说中的挑战者武藤由纪发生了戏剧性的遭遇，并收到了1张卡片。但朱代却因此迟到了，错过了考试。为此，朱代恳求克罗诺斯教授让他通过考试，然后开始了挑战者之路……这部作品是新系列的第二部，继承了动画的世界观“游戏王—怪兽之决斗”.男主角由原来的武藤游戏改成了雨城居代，一些基本的设定也进行了全新的修改。但舞台和《游戏王—怪兽大战》是同一个世界。